年5月，章太炎為鄒容的《革命軍》一書作序，稱其為“義師先聲”。同年6月，作《駁康有為論革命書》，因文中有“載湉小丑，不辨菽麥”之語，引起清廷震怒，而世人驚為“奇警”，認為“論者不啻向五千年帝王中，猛投以爆彈也”。

事發(fā)后，清政府到愛國學社抓人，問誰是章炳麟。章太炎挺身而出說：“我是章炳麟，你們抓我好了?！?/p>

章太炎在獄中做裁縫度日，但革命意志不減。當時鄒容尚在逃，章太炎在致鄒容的信中大義凜然道：“吾已被清廷查拿七次，今第八次矣，志在流血，焉用逃為？”不久，鄒容便前來主動投案。結果章太炎被判3年，鄒容被判了2年。

年陰歷六月二十九日，章太炎出獄赴日。在歡迎會上，章太炎慷慨陳詞：“一、用宗教發(fā)起信心，增進國民的道德；二、用國粹激動種性，增進愛國的熱腸?！辈⒈硎疽筛锩髽I(yè)，必須有“精神病人”的執(zhí)著和勇氣。他還特地在宅壁高處掛了一幅鄒容的遺像，前面擺了一張橫板，上設香爐，每月初一、十五必沐手敬香一次。

年，章太炎第二次渡日本。此次東渡，章太炎住在梁啟超主持的新民叢報館，為《新民叢報》潤色譯文，并曾試圖調解孫、康二派的關系。

年，章太炎在日本主編《民報》時，曾主張社會主義，與片山潛等日本社會主義者過從甚密，并由此反思西方的進化論及現(xiàn)代文明，撰寫了《俱分進化論》《五無論》等著作。

章太炎是同盟會和辛亥革命的重要領袖之一。他與孫文既有過并肩奮戰(zhàn)的歲月，也有過激烈爭辯乃至分道揚鑣的日子。孫文逝世，章太炎肯定“天生我公，為世鈴鐸……余豈好郵，好是諤諤”。既承認孫文首倡革命之功，又坦言彼此的分歧，是有話直說的諍友。時稱章太炎為“民國之禰衡”。

章太炎常批評孫中山，但是他在批評孫中山時，別人只能聽，不能答，更不能附和。如果有人附和說罵得好，他馬上給人一記耳光，說：“你是什么東西？總理（孫中山）是中國第一等的偉人，除我之外，誰敢罵之？”

辛亥革命勝利后，時任總理的孫中山特地遣使迎章太炎至南京總統(tǒng)府議事。袁世凱竊取大總統(tǒng)寶座之后，試圖拉攏章太炎為其所用，聘請其為總統(tǒng)府高等顧問，同年任命其為東三省籌邊使。宋教仁一案后，章太炎對袁世凱的幻想破滅，起而反袁。

據(jù)景梅九回憶，某一天，章太炎鬧著要效仿方孝孺，手持喪杖，身披麻衣，“痛哭于國門，以哀共和之將亡”，最終被大家勸阻住了。隨后，章太炎還是按捺不住，手持團扇一柄，下系勛章，足踏破官靴，沖闖總統(tǒng)府，“瘋言瘋語，大鬧不休”。從此以后，“章瘋子”的名號，便迅速傳開了。

年，章太炎被袁世凱幽禁在北京龍泉寺，5月23日，他寫信給家人，其中有這樣一句：“我死后，中國文化費500元，雇廚子一人、聽差兩人以供使喚。他毫不客氣，曉諭聽差和廚子必須每日向他請安三次，清晨9時一次、下午3時一次、晚上9時一次，請安方式為打躬，不得違誤，若有差池重責不貸。聽差、廚子唯唯不敢稍忘。章太炎有時還借吃湯圓表達對袁世凱的切齒之恨。他夾起一顆湯圓，優(yōu)哉游哉地說道：“湯圓，又稱元宵，元宵者，袁消也。”緊接著一口將其吃下，引得大家大笑。

年，章太炎被袁世凱軟禁期間，被迫寫“勸進書”，書云：“某憶元年四月八日之誓詞，言猶在耳。公今忽萌野心，妄僭天位，非惟民國之叛逆，亦且清室之罪人。某困處京師，生不如死！但冀公見我書，予以極刑，較當日死于滿清惡官僚之手，尤有榮耀！”據(jù)說，袁世凱氣得冒煙，又自嘲說：“彼一瘋子，我何必與之認真也！”

章太炎在文學、歷史學、語言學等方面，均有成就。宣揚革命的詩文，影響很大，但文字古奧難解。所著《新方言》《文始》《小學答問》，上探語源，下明流變，頗多創(chuàng)獲。

當時的北京大學，有名的教授，大多出之于章太炎的門下，如：黃侃、朱希祖、錢玄同、周樹人（魯迅）、沈兼士等。

當年27歲的胡適獨樹一幟，在大師環(huán)伺的北京大學，教起“中國哲學史”，其講義《中國哲學史大綱》頗多沿襲章太炎在《國故論衡》下卷《諸子學》諸篇的觀點。胡適實為章太炎中年以前學術衣缽的繼承者。但此時章太炎本人的學術已經有所轉向，故對胡適的中國哲學史研究不甚滿意。

胡適著有《中國哲學史大綱》一書，出版時特送了一本給章太炎，上寫“太炎先生指謬”，下署“胡適敬贈”，在“太炎”和“胡適”4個字的右邊，各加了一條黑線，表示是人名。章看到自己名旁加了黑杠，不禁大罵：“何物胡適！竟在我名下胡抹亂畫！”及至看胡的名旁也有黑杠，才消了氣說：“他的名旁也有一杠，就算互相抵消了罷！”

章太炎也精通醫(yī)學，著有《霍亂論》《章太炎醫(yī)論》（原名《猝病新論》）。曾有人問章太炎：“先生的學問是經學第一，還是史學第一？”他答道：“實不相瞞，我是醫(yī)學第一?！?/p>

胡適稱章太炎是“清代學術史的壓陣大將”，黃侃則稱其為“實命世之大儒”。而在魯迅眼里，章太炎首先是一個革命者，其次才是一個大學問家，即“有學問的革命家”。他認為，章太炎的業(yè)績，“留在革命史上的，實在比學術史上還要大”。

魯迅在1936年臨終時，回憶其師章太炎：“考其生平，以大勛章作扇墜，臨總統(tǒng)府之門，大詬袁世凱包藏禍心者，并世無第二人；七被追捕，三入牢獄，而革命之志終不屈撓者，并世亦無第二人。這才是先哲的精神，后生的楷模?！贝朔u論，尤為精彩。

年6月14日，章太炎因病去世，享年67歲。他一生極為自負，臨終時，留下遺言曰：“樸學從此絕矣?！辈∈诺南鱽恚粫r間“全國朝野表示哀悼”，國民政府撥?？?000元為章氏治喪費，并通過了“章炳麟應予國葬，并受國民政府褒恤”的決定。