有一個(gè)調(diào)皮的小男孩叫尼爾斯。因?yàn)樵诩依镒脚艘恢恍【`，他被小精靈變成了一個(gè)拇指大小的小人兒。這時(shí)，天空中飛過一群大雁，家里的一只雄鵝也想和大雁一起飛行。尼爾斯為了阻止雄鵝飛走，就抱住了雄鵝莫頓的脖子，卻被莫頓帶上了天空，越飛越高。從此，尼爾斯就開始了神奇的騎鵝之旅。

領(lǐng)頭雁名叫阿卡，她對尼爾斯十分警惕。不過，尼爾斯從狐貍斯密爾手中救下了一只大雁后，便得到了阿卡的信任。大雁阿卡答應(yīng)帶尼爾斯一起去旅行。此后，斯密爾卻對尼爾斯懷恨在心，一直跟蹤大雁，找機(jī)會偷襲。

大雁們飛到了農(nóng)莊，在這里尼爾斯幫助一只被關(guān)在籠子里的母松鼠，他把松鼠的孩子們送過來喂奶。農(nóng)莊的主人覺得囚禁這只母松鼠是件很不光彩的事，他吩咐老奶奶把母松鼠和她的孩子們都送回了榛樹叢。從此，尼爾斯在動(dòng)物界留下了好名聲，動(dòng)物們都愿意找他幫忙。

雁群飛到了厄蘭島，尼爾斯在這里救了灰雁鄧芬。在葉爾斯塔灣，尼爾斯又遇到了斯密爾。為了逃脫斯密爾的追捕，尼爾斯來到附近的農(nóng)舍，解開了看門狗的鎖鏈。當(dāng)看門狗撲倒斯密爾時(shí)，尼爾斯趕緊用狗鏈拴住了斯密爾。斯密爾成了一條“看門狗”。

在法隆市，尼爾斯解救了被困在小房子里的渡鴉巴塔基。巴塔基告訴尼爾斯只要有人愿意和他交換身份，他就能重新變回人。但是，尼爾斯不想背棄莫頓，也不想傷害無辜的人，他選擇了繼續(xù)做個(gè)小人兒。

尼爾斯在斯康森動(dòng)物園里救出了一只名叫高爾果的小雕，在尼爾斯的撮合下，高爾果和他的養(yǎng)母阿卡和好如初。達(dá)拉普蘭后，尼爾斯遇到了放鵝姑娘奧薩和她的弟弟小馬茨，在尼爾斯的幫助下奧薩終于找到了自己的父親。

在拉普蘭快樂地生活了幾個(gè)月后，大雁們準(zhǔn)備啟程南飛了?；氐剿箍的秃螅⒖ㄏ氚炎约憾嗄昵鞍l(fā)現(xiàn)的金幣送給尼爾斯作為酬謝，可尼爾斯卻拒絕了。

得知家里的日子過得很艱難，尼爾斯悄悄回到家中一看究竟，卻發(fā)現(xiàn)莫頓和鄧芬被父母抓住了。為了刀下救“人”，他鼓起勇氣捶打屋門，這時(shí)他變回了原來的樣子。